Bulletin de l'Organisation mondiale de la Santé

Que faire contre les bactéries résistantes dans la chaîne alimentaire?

Courtesy of Antoine Andremont

Antoine Andremont qui a consacré les 30 dernières années de sa vie à l’étude de la résistance aux antimicrobiens chez l’homme et l’animal est, depuis 1996, professeur de microbiologie médicale à l’Université Paris-Diderot et chef du laboratoire de bactériologie de l’Hôpital Bichat Claude Bernard, centre de référence pour les maladies infectieuses à Paris (France). Le Professeur Andremont est membre du Groupe consultatif de l’OMS sur la surveillance intégrée de la résistance aux antimicrobiens qui établit une liste des antibiotiques vitaux pour la santé humaine.
De 1979 à 1986, il a été microbiologiste clinicien à l’Institut Gustave Roussy, un centre français de recherche et de traitement du cancer et, de 1988 à 1996, a enseigné la microbiologie à la Faculté de pharmacie de l’Université de Paris-Sud, où il a obtenu son doctorat en microbiologie en 1986. C’est à l’École de médecine de l’Université de Tours qu’il a obtenu son doctorat en médecine en 1976. Il a publié plus de 200 articles scientifiques et plusieurs ouvrages, notamment: Antibiotiques: le naufrage – Notre santé en danger, paru en 2014.

Bulletin de l'Organisation mondiale de la Santé 2015;93:217-218. doi: http://dx.doi.org/10.2471/BLT.15.030415

Q: Plus de 50% des antibiotiques utilisés dans le monde sont donnés aux animaux pour traiter ou prévenir des infections et accélérer la croissance. Quelles sont les conséquences de ces pratiques pour la santé humaine?

R: Les êtres vivants sont fortement colonisées par des bactéries dont beaucoup – appelées «bactéries commensales» – jouent un rôle bénéfique. Quand l’homme ou l’animal reçoit des antibiotiques, la plus grande partie est absorbée et passe dans le sang et une partie va directement dans le système digestif où la plupart des bactéries commensales sont tuées – laissant uniquement quelques bactéries qui sont résistantes et se multiplient. Une partie d’un antibiotique absorbé par le sang pénètre dans les voies intestinales à travers l’excrétion biliaire. Ainsi, à la suite d’une antibiothérapie, les intestins de l’homme ou de l’animal contiennent une proportion beaucoup plus forte de bactéries résistantes.

Une des conséquences majeures pour la santé humaine est que ces bactéries résistantes peuvent provoquer chez l’hôte des infections – des voies urinaires, par exemple – qui sont plus difficiles à traiter que les infections dues à des bactéries non résistantes. Lorsque des sujets dont le système immunitaire est affaibli, par exemple après une chimiothérapie, des soins intensifs ou une intervention chirurgicale importante, se retrouvent avec des bactéries résistantes dans les intestins, il existe un risque de voir apparaître une infection grave d’origine intestinale difficile à traiter. Une autre conséquence pour l’homme et l’animal concerne l’excrétion dans les matières fécales d’importantes quantités de bactéries résistantes, qui contaminent l’environnement – et peut-être d’autres hommes ou d’autres animaux – et peuvent entrer dans la chaîne alimentaire.

Q: Quelles sont les conséquences pour la chaîne alimentaire et la sécurité sanitaire de nos aliments?

R: Quand les animaux auxquels on a administré des antibiotiques sont abattus, il est impossible d’éviter toute dissémination des bactéries présentes dans leurs intestins – qu’il s’agisse de bactéries sensibles aux médicaments ou de bactéries résistantes. La viande et d’autres produits qui entrent dans la chaîne alimentaire peuvent donc être contaminés. Si la situation varie d’un pays à l’autre, le poulet que vous achetez aujourd’hui au supermarché ou chez le boucher est souvent contaminé par des bactéries E. coli, qui peuvent être très résistantes aux antibiotiques.

Quand vous ramenez à la maison un poulet contaminé par des bactéries résistantes, vos mains peuvent entrer en contact avec ces bactéries lorsque vous l’apprêtez et contaminer les ustensiles de cuisine ou les surfaces de travail. Les bactéries résistantes du poulet sont tuées pendant la cuisson, mais celles qui contaminent la salade ou d’autres aliments consommés crus, survivent. Si un membre de la famille est infecté par des bactéries E. coli, résistantes, l’infection pourra facilement être transmise aux autres par simple contact physique. Les conséquences pour la santé humaine sont donc sérieuses.

Q: Y a-t-il d’autres exemples?

R: Ils sont nombreux. Il ressort d’une étude [parue dans le Journal of Emerging Infections Diseases en août 2013] que plus de 1500 décès annuels dans l’Union européenne sont estimés être directement liés à l’utilisation d’antibiotiques dans les élevages de volailles. Un autre exemple est le risque bien connu de transmission du Staphylococcus aureus résistant à la méticilline (SARM) du bétail aux éleveurs, vétérinaires et autres personnes entrant en contact direct avec les animaux. Or, le staphylocoque doré peut provoquer des infections graves.

Q: Quand avons-nous pris conscience pour la première fois du problème des antibiotiques et des bactéries résistantes dans la chaîne alimentaire?

R: À la fin des années 60, le rapport Swann au Royaume-Uni a constaté que d’importantes quantités de bactéries résistantes étaient rejetées dans l’environnement dans les excréments à la suite de l’utilisation d’antibiotiques dans l’élevage. À l’époque, personne ne s’en inquiétait pour la simple et bonne raison que les nouveaux antibiotiques pour le traitement des patients se succédaient sur le marché. Et même si le phénomène s’aggravait, la résistance n’était pas jugée problématique pour la santé humaine. La situation a changé depuis la fin des années 80, car très peu de nouveaux antibiotiques ont été découverts ces 30 dernières années.

Aujourd’hui, nous sommes arrivés à un tournant dans l’histoire des antibiotiques. En effet, les produits dont nous disposons ne permettent plus de traiter de manière efficace les infections dont souffrent toujours plus de malades. D’autres mises en garde de microbiologistes éminents, tel Stuart Levy aux États-Unis, n’ont pas vraiment été suivies d’effet car lors de la publication de son ouvrage The antibiotic paradox en 1992, on parvenait encore à lutter contre les bactéries les plus résistantes avec certains antibiotiques.

Q: Quand avez-vous commencé à vous intéresser au problème et pourquoi?

R: Je me suis intéressé au problème en tant que jeune médecin au Centre de lutte contre le cancer de l’Institut Gustave Roussy, quand j’ai commencé à étudier les bactéries intestinales résistantes au milieu des années 80. En compagnie de Cyrille Tancrède, mon supérieur à l’époque, j’ai constaté qu’après une chimiothérapie, le risque chez des malades gravement immunodéprimés d’être infectés par leurs propres bactéries intestinales était plus élevé, et que plus on leur donnait des antibiotiques, plus leurs bactéries intestinales devenaient résistantes. Nous avons essayé de comprendre pourquoi et nous nous sommes demandé s’il était possible de stopper le processus. Cela nous a amenés à procéder à une série d’études expérimentales et cliniques que j’ai poursuivies depuis, notamment dans mes travaux actuels. Mon laboratoire se spécialise dans l’étude de l’effet des antibiotiques sur la dynamique de l’antibiorésistance dans les voies intestinales.

Q: Et qu’avez-vous découvert?

R: Les bactéries de la flore intestinale chez l’animal et chez l’homme sont très semblables, sinon identiques, et peuvent échanger des informations véhiculées par les gènes concernant la résistance aux antibiotiques. C’est là un point déterminant. Par conséquent, lorsque la résistance survient chez l’animal, elle peut affecter les bactéries intestinales chez l’homme. C’est pour cela qu’il est si important de réduire l’utilisation des antibiotiques dans l’élevage pour réduire la résistance chez l’homme.

Cela ne veut pas dire qu’il ne faut pas se préoccuper de l’emploi des antibiotiques en médecine humaine pour lutter contre le phénomène. Mais il faut faire davantage pour ralentir l’antibiorésistance chez l’animal, car les animaux d’élevage sont bien plus nombreux que les hommes et l’utilisation d’antibiotiques dans l’élevage est beaucoup plus importante et répond à des impératifs de profit plutôt qu’à des impératifs de santé.

Q: Quels sont les aliments contaminés par des bactéries résistantes?

R: La plupart des animaux issus de l’élevage industriel reçoivent des antibiotiques, même si l’on observe d’importantes différences entres les espèces et les pratiques. Les élevages de volailles, de lapins, de porcs et la pisciculture sont particulièrement concernés. En 2014, en France, l’Union fédérale des consommateurs Que Choisir a constaté qu’une importante proportion des poulets et des dindes en France était contaminée par des bactéries résistant aux céphalosporines de troisième génération, l’un des antibiotiques à protéger comme dernier recours lorsque les autres produits n’agissent plus chez l’homme. Le cas du lait est particulièrement intéressant. L’industrie laitière a imposé des contrôles très stricts pour garantir l’absence de résidus d’antibiotiques dans le lait, susceptibles de tuer les bactéries nécessaires à la fermentation – indispensable dans la fabrication de certains produits comme le fromage et les yaourts. S’il contient des antibiotiques, le lait ne peut être vendu et l’éleveur l’utilise alors pour nourrir le bétail. Mais en voulant éviter un gaspillage, il donne naissance à un nouveau problème car les bactéries intestinales du bétail deviennent résistantes, sont excrétées dans l’environnement et entrent dans la chaîne alimentaire après l’abattage des animaux.

Q: Que fait le secteur agricole pour réduire le problème de la contamination de la chaîne alimentaire par des bactéries résistantes? Quelle est l’efficacité de la réglementation?

R: La réglementation est assez bien respectée en Europe. Ainsi, l’Union européenne interdit depuis 15 ans l’utilisation d’antibiotiques pour accélérer la croissance. Mais ce n’est pas le cas ailleurs dans le monde. L’Australie a interdit dans l’élevage l’utilisation des fluoroquinolones – des antimicrobiens très importants en médecine humaine –, ce qui fait que la résistance aux fluoroquinolones est très faible chez les agents pathogènes véhiculés par les aliments en Australie et cette résistance est également beaucoup plus faible chez les bactéries humaines.

Q: En 2012, le gouvernement français a lancé l’initiative EcoAntibio visant à réduire d’un quart l’utilisation des antibiotiques dans l’élevage en France entre 2012 et 2017. Quels sont les progrès réalisés? Pourquoi dites-vous dans votre livre Antibiotiques: le naufrage que ce but est insuffisant?

R: Le plan est appliqué depuis un an. Nous ne disposons pas encore des résultats, mais il semble qu’on ait bien réduit le recours aux antibiotiques dans l’élevage et on peut penser que les effets seront positifs. Mais on aurait pu fixer la barre beaucoup plus haut. Aux Pays-Bas, par exemple, où l’usage des antibiotiques dans l’élevage était aussi courant qu’en France, on a obtenu une réduction de 60% entre 2008 et 2012.

Q: Dans quelle mesure une restriction sévère de l’utilisation d’antibiotiques dans l’élevage peut-elle permettre de réduire l’apparition d’une antibiorésistance?

R: Dans la mesure où nous réduisons l’utilisation d’antibiotiques, les dégâts causés aux écosystèmes sont réversibles. C’est ce que démontre l’expérience des pays d’Europe du Nord, où les niveaux de bactéries résistantes chez les animaux ont diminué rapidement et de manière spectaculaire après la décision de réduire l’utilisation des antibiotiques dans l’élevage.

Q: Que devraient faire le consommateur et le secteur de la restauration?

R: Il n’y a pas de mesure particulière recommandée pour le consommateur et la restauration en dehors de conseils généraux d’hygiène. Des normes internationales existent pour surveiller la présence d’agents pathogènes dans les aliments et autoriser ou non la distribution des produits. La question est de savoir si nous devons détecter la présence de bactéries résistantes dans les aliments – comme on le fait pour des agents pathogènes comme les salmonelles ou les listerias?

Jusqu’ici, il n’y a pas de règlements prévoyant de traiter les bactéries résistantes de la même manière. C’est quelque chose qui doit être examiné par les pays en collaboration avec les organismes compétents des Nations Unies comme l’OMS, l’Organisation mondiale de la santé animale et l’Organisation des Nations Unies pour l’alimentation et l’agriculture.

Q: Dans quelle direction devons-nous aller?

R: La moitié seulement des antibiotiques prescrits en santé humaine sont destinés à soigner des infections bactériennes. Ils sont souvent utilisés en cas d’infections virales ou parasitaires contre lesquelles ils ne sont pas efficaces. Dans l’agriculture et l’élevage, on a recours à des quantités très importantes d’antibiotiques pour accélérer la croissance et prévenir les infections chez les animaux, et l’effet combiné de ces facteurs sur l’environnement et sur notre santé est énorme. Il faut revenir au but premier: les antibiotiques doivent servir à protéger la santé humaine et à sauver des vies. Nous devons nous demander si les autres usages sont justifiés, car il s’agit de préserver le miracle des antibiotiques pour les générations futures.