Global Alert and Response (GAR)

Prélèvement d'échantillons pour tests diagnostiques du SRAS

le 29 Avril 2003

Il n'existe à l'heure actuelle pas de test diagnostique spécifique pour la détection du coronavirus SRAS ou des anticorps correspondants. On trouvera un résumé sur l'utilisation des tests de laboratoire disponibles et leurs caractéristiques sous SRAS : Utilisation des tests diagnostiques de laboratoire.

Les prélèvements diagnostiques doivent pouvoir servir à des cultures de virus, des réactions de polymérisation en chaîne (PCR), des tests de détection d'antigènes, des immuno-colorations et des mesures d'anticorps sérologiques.

Dans le cadre de la recherche et afin d'améliorer notre compréhension des processus pathologiques du SRAS, l'OMS recommande aux cliniciens de récolter et de conserver des échantillons consécutifs auprès de leurs malades atteints de SRAS afin de pouvoir tester ces prélèvements quand les tests diagnostiques seront plus disponibles. Cette approche sera particulièrement utile pour les premiers cas identifiés dans un pays qui n'a pas signalé de SRAS auparavant. Il faut mettre en rapport les données de l'anamnèse et de l'histoire clinique avec les résultats de laboratoire afin de mieux comprendre la dynamique d'excrétion du virus et sa période de transmissibilité.

Résumé des possibilités de prélèvements :

Pour des raisons pratiques et d'après les informations qu'apporte le réseau de laboratoires établi par l'OMS, ce sont les prélèvements en provenance du tractus respiratoire supérieur qui conviennent le mieux pour la mise en évidence du virus (isolement et mise en évidence d'ARN). Le taux de mise en évidence sera accru si l'on prélève des échantillons en plusieurs sites.

Type de prélèvement

Méthode

Milieu/ récipient/ transport

Quand effectuer le prélèvement ?

Utilité possible

Nasopharyngé

Aspiration d'un prélèvement pour recherche de virus respiratoire

Flacon stérile

Envoi sur glace (+4°C)

A tout moment au cours de la maladie

Particulièrement utile au cours de la phase initiale

Culture de virus

PCR

Microscopie électronique

Nasopharyngé ou oropharyngé

Uniquement écouvillon stérile en Dacron ou rayonne avec tige en plastique

Flacon stérile + liquide de transport

Envoi sur glace (+4°C)

A tout moment au cours de la maladie

Particulièrement utile au cours de la phase initiale

Trachée

Aspiration

Centrifuger ; garder le liquide non centrifugé en flacon stérile, fixer le dépôt restant dans le formol.

Liquide non centrifugé en flacon stérile

Expédier sur glace ou sur cellules fixées à température ambiante, ou cellules non fixées gelées.

Selon les indications cliniques : intubation, atteinte pulmonaire grave, épanchement pleural

Utile tant en phase initiale qu'aux stades plus avancés de la maladie

Cultures standard

Cultures de virus

PCR

Microscopie électronique

Frottis colorés ou non : immunofluorescence, (Biologie moléculaire) PCR

Lavage broncho-alvéolaire

Liquide pleural

Ponction pleurale

Urine

Prélèvement propre, récipient stérile

Centrifuger, resuspendre le sédiment dans 2-3 ml de milieu de transport stérile, de milieu de culture cellulaire ou de sérum physiologique phosphaté tamponné

Phase aiguë

Mise en évidence des antigènes

Culture de virus

PCR

Selles

 

10-50 ml dans un récipient pour selles ou pour urines.

Envoi sur glace

À tout moment

De préférence vers le 10ème jour

Culture de virus

PCR

Microscopie électronique

Conjonctifs

Uniquement écouvillon stérile en Dacron ou rayonne avec tige en plastique

Flacon stérile avec milieu de transport pour virus

Envoi sur glace

Le plus tôt possible au cours de la maladie

Culture de virus

PCR

Microscopie électronique

Sérum

 

De préférence >= 200 m l. Envoi sur glace ou gelé

Le plus tôt possible en phase aiguë (jusqu'à 7 jours)

Convalescence : après 3 à 4 semaines

Détection d'anticorps spécifiques (IgM, IgA, titres IgG croissants)

Sang entier

 

EDTA

Envoi sur glace

Á tout moment au cours de la maladie

 

Sang

 

Flacon d'hémoculture standard

 

Culture standard

PCR

Tissus (biopsie, autopsie)

Poumons, voies respiratoires supérieures

Flacon stérile + milieu de transport viral ou sérum physiologique. Congelé récemment à –70°C

 

Microscopie électronique

Immunofluorescence

(Biologie moléculaire)PCR

 

Organes principaux

Fixation au formol ou section en paraffine.

Transport à température ambiante

 

Microscopie électronique

Méthodes de prélèvement pour les échantillons de l'arbre respiratoire

  • Lavage / aspiration du nasopharynx

  • Il s'agit là de spécimen de premier choix pour la mise en évidence de virus respiratoires. Le malade se tiendra assis, la tête légèrement penchée en arrière. Injecter 1 à 1.5 ml de sérum physiologique non bactériostatique dans une narine. Rincer un cathéter ou un tube en plastique avec 2 à 3 ml de sérum physiologique parallèlement au palais. Aspirer les sécrétions nasopharyngées. Répéter pour l'autre narine. Mettre les prélèvements en flacons stériles.

  • Écouvillonnage nasopharyngien

  • Insérer l'écouvillon dans la narine, parallèlement au palais et laisser en place quelques secondes pour absorber les sécrétions. Passer un écouvillon pour chaque narine.

  • Écouvillonnage oropharyngien

  • Écouvillonner le pharynx postérieur et les régions amygdaliennes, en évitant la langue

  • Appareil respiratoire inférieur

  • Voir tableau ci-dessus

    Sécurité biologique :


    On trouvera sur le site OMS des détails sur les précautions de sécurité biologique en ce qui concerne la manipulation, la gestion et le transport des prélèvements (Interim Laboratory Biosafety Guidelines for Handling and Processing Specimens Associated with Severe Acute Respiratory Syndrome (SARS)

    Le personnel de santé qui opère les prélèvements chez des cas présumés ou probables de SRAS utilisera un équipement de protection individuelle : masques bien ajustés (à haute efficacité de filtrage : N, R, P 95/99/100, FFP 2/3), lunettes de protection, gants et peignoirs jetables (Conseils en matière de lutte contre l'infection nosocomiale ).

    Les flacons et les tubes ayant contenu ou contenant des prélèvements corporels devront être rendus étanches pour éviter toute fuite ; ils porteront en évidence une étiquette "matières infectieuses", ainsi qu'une étiquette identifiant le prélèvement, avec la date de prélèvement.

    Pour le transport de ces prélèvements, on aura recours à des emballages appropriés, étiquetés de façon adéquate WHO biosafety guidelines for handling of SARS specimens

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