Prélèvement d'échantillons pour tests diagnostiques du SRAS
le 29 Avril 2003
Il n'existe à l'heure actuelle pas de test diagnostique spécifique pour la détection du coronavirus SRAS ou des anticorps correspondants. On trouvera un résumé sur l'utilisation des tests de laboratoire disponibles et leurs caractéristiques sous SRAS : Utilisation des tests diagnostiques de laboratoire.
Les prélèvements diagnostiques doivent pouvoir servir à des cultures de virus, des réactions de polymérisation en chaîne (PCR), des tests de détection d'antigènes, des immuno-colorations et des mesures d'anticorps sérologiques.
Dans le cadre de la recherche et afin d'améliorer notre compréhension des processus pathologiques du SRAS, l'OMS recommande aux cliniciens de récolter et de conserver des échantillons consécutifs auprès de leurs malades atteints de SRAS afin de pouvoir tester ces prélèvements quand les tests diagnostiques seront plus disponibles. Cette approche sera particulièrement utile pour les premiers cas identifiés dans un pays qui n'a pas signalé de SRAS auparavant. Il faut mettre en rapport les données de l'anamnèse et de l'histoire clinique avec les résultats de laboratoire afin de mieux comprendre la dynamique d'excrétion du virus et sa période de transmissibilité.
Résumé des possibilités de prélèvements : Pour des raisons pratiques et d'après les informations qu'apporte le réseau de laboratoires établi par l'OMS, ce sont les prélèvements en provenance du tractus respiratoire supérieur qui conviennent le mieux pour la mise en évidence du virus (isolement et mise en évidence d'ARN). Le taux de mise en évidence sera accru si l'on prélève des échantillons en plusieurs sites. Type de prélèvement Méthode Milieu/ récipient/ transport Quand effectuer le prélèvement ? Utilité possible Nasopharyngé Aspiration d'un prélèvement pour recherche de virus respiratoire Flacon stérile Envoi sur glace (+4°C) A tout moment au cours de la maladie Particulièrement utile au cours de la phase initiale Culture de virus PCR Microscopie électronique Nasopharyngé ou oropharyngé Uniquement écouvillon stérile en Dacron ou rayonne avec tige en plastique Flacon stérile + liquide de transport Envoi sur glace (+4°C) A tout moment au cours de la maladie Particulièrement utile au cours de la phase initiale Trachée Aspiration Centrifuger ; garder le liquide non centrifugé en flacon stérile, fixer le dépôt restant dans le formol. Liquide non centrifugé en flacon stérile Expédier sur glace ou sur cellules fixées à température ambiante, ou cellules non fixées gelées. Selon les indications cliniques : intubation, atteinte pulmonaire grave, épanchement pleural Utile tant en phase initiale qu'aux stades plus avancés de la maladie Cultures standard Cultures de virus PCR Microscopie électronique Frottis colorés ou non : immunofluorescence,
(Biologie moléculaire) PCR Lavage broncho-alvéolaire Liquide pleural Ponction pleurale Urine Prélèvement propre, récipient stérile Centrifuger, resuspendre le sédiment dans 2-3 ml de milieu de transport stérile, de milieu de culture cellulaire ou de sérum physiologique phosphaté tamponné Phase aiguë Mise en évidence des antigènes Culture de virus PCR Selles 10-50 ml dans un récipient pour selles ou pour urines. Envoi sur glace À tout moment De préférence vers le 10ème jour Culture de virus PCR Microscopie électronique Conjonctifs Uniquement écouvillon stérile en Dacron ou rayonne avec tige en plastique Flacon stérile avec milieu de transport pour virus Envoi sur glace Le plus tôt possible au cours de la maladie Culture de virus PCR Microscopie électronique Sérum De préférence >= 200 m l. Envoi sur glace ou gelé Le plus tôt possible en phase aiguë (jusqu'à 7 jours) Convalescence : après 3 à 4 semaines Détection d'anticorps spécifiques (IgM, IgA, titres IgG croissants) Sang entier EDTA Envoi sur glace Á tout moment au cours de la maladie Sang Flacon d'hémoculture standard Culture standard PCR Tissus (biopsie, autopsie) Poumons, voies respiratoires supérieures Flacon stérile + milieu de transport viral ou sérum physiologique. Congelé récemment à –70°C Microscopie électronique Immunofluorescence
(Biologie moléculaire)PCR Organes principaux Fixation au formol ou section en paraffine. Transport à température ambiante Microscopie électronique
Méthodes de prélèvement pour les échantillons de l'arbre respiratoire
Il s'agit là de spécimen de premier choix pour la mise en évidence de virus respiratoires. Le malade se tiendra assis, la tête légèrement penchée en arrière. Injecter 1 à 1.5 ml de sérum physiologique non bactériostatique dans une narine. Rincer un cathéter ou un tube en plastique avec 2 à 3 ml de sérum physiologique parallèlement au palais. Aspirer les sécrétions nasopharyngées. Répéter pour l'autre narine. Mettre les prélèvements en flacons stériles.
Insérer l'écouvillon dans la narine, parallèlement au palais et laisser en place quelques secondes pour absorber les sécrétions. Passer un écouvillon pour chaque narine.
Écouvillonner le pharynx postérieur et les régions amygdaliennes, en évitant la langue
Voir tableau ci-dessus
Sécurité biologique :
On trouvera sur le site OMS des détails sur les précautions de sécurité biologique en ce qui concerne la manipulation, la gestion et le transport des prélèvements (Interim Laboratory Biosafety Guidelines for Handling and Processing Specimens Associated with Severe Acute Respiratory Syndrome (SARS)
Le personnel de santé qui opère les prélèvements chez des cas présumés ou probables de SRAS utilisera un équipement de protection individuelle : masques bien ajustés (à haute efficacité de filtrage : N, R, P 95/99/100, FFP 2/3), lunettes de protection, gants et peignoirs jetables (Conseils en matière de lutte contre l'infection nosocomiale ).
Les flacons et les tubes ayant contenu ou contenant des prélèvements corporels devront être rendus étanches pour éviter toute fuite ; ils porteront en évidence une étiquette "matières infectieuses", ainsi qu'une étiquette identifiant le prélèvement, avec la date de prélèvement.
Pour le transport de ces prélèvements, on aura recours à des emballages appropriés, étiquetés de façon adéquate WHO biosafety guidelines for handling of SARS specimens