Le Journal d’Ebola: dépister la maladie à une échelle sans précédent

Jim Strong et Allen Grolla

En juin 2014, Jim Strong et Allen Grolla, spécialistes en analyses de laboratoire à l’Agence de la santé publique du Canada, ont été déployés par le Réseau mondial d’alerte et d’action en cas d’épidémie (GOARN) pour collaborer avec l’OMS en Guinée et en Sierra Leone.

Ils avaient déjà travaillé sur de précédentes flambées de fièvre hémorragique en Angola, en République du Congo, en République démocratique du Congo et au Kenya. En commençant à recevoir et à analyser des échantillons, ils ont réalisé que, par son ampleur, l’événement dépassait de loin toutes les flambées qu’ils avaient connues auparavant.

Manipulation de prélèvement susceptibles d'être infectés par le virus Ebola
OMS/C. Salvi

Nous sommes arrivés à Conakry (Guinée) fin juin 2014 avec beaucoup de matériel de laboratoire au milieu d’une flambée qui évoluait très rapidement. Nous avons pris plusieurs jours pour discuter du meilleur endroit où installer notre laboratoire.

Lorsque nous sommes arrivés à Conakry, nous n’avons pas vu beaucoup de cas. On croyait que le virus Ebola sévissait surtout autour de Guéckédou. La plupart des rapports indiquaient que la flambée allait être contenue, car il y avait une riposte raisonnable à cet endroit. Personne ne s’attendait réellement au fait que la flambée s’était déjà largement répandue et que nous étions très en retard par rapport à la courbe épidémique.

Les niveaux d’anxiété ont commencé vraiment à grimper à la fin du mois de juin et en juillet, lorsqu’il est apparu qu’il y avait de nombreux cas au Libéria et en Sierra Leone. Nous avons pu le constater ultérieurement, quand nous sommes allés à Guéckédou et encore plus à Kailahun, en Sierra Leone.

Nous nous sommes redéployés tout d’abord de Conakry à Guéckédou et, ensuite, nous avons traversé le fleuve Mano pour arriver dans le district de Kailahun, en Sierra Leone, le nouvel épicentre à ce moment-là. Nous avons voyagé avec environ 16 caisses de matériel médical et d’équipement de diagnostic, secouées dans tous les sens à l’arrière des camions.

Installer le premier laboratoire à Kailahun

Notre voyage vers Kailahun a débuté tôt le matin, par une route très cahoteuse descendant vers le cours d’eau. Les frontières n’étaient pas encore fermées et il y avait encore beaucoup de personnes et de marchandises faisant la traversée, y compris des motos et des bateaux avec d’énormes chargements de manioc. Le logisticien de l’OMS a négocié notre traversée avec les autorités douanières. Nous avons chargé tous nos kits dans des canaux et nous sommes repartis.

À Kailahun, les gens étaient très amicaux. Ils voulaient s’asseoir à côté de nous, connaître notre histoire et savoir exactement ce qu’il se passait.

Il n’y avait pas de tests de laboratoire à Kailahun à ce moment-là. Médecins sans frontières (MSF) venait de mettre en place un centre de traitement d’Ebola en périphérie de la ville et commençait à hospitaliser des malades. Nous avons installé notre laboratoire juste en face de la sortie des personnels médicaux, dans la zone à faible risque du centre de traitement.

Une flambée d’une ampleur dépassant toutes les prévisions

Deux spécialistes de laboratoire de l'Agence canadienne de santé publique se rendent en bateau  à Kailahun en Sierra Leone
Agence de santé publique du Canada

Une fois notre laboratoire installé à Kailahun, le nombre des échantillons positifs était supérieur à tout ce que nous avions connu lors d’autres flambées. Le site de MSF ne recevait qu’une partie des cas du district et nous avons donc réalisé que la dimension de l’événement surpassait de loin toutes les flambées pour lesquelles nous avions travaillé auparavant. La différence tenait à l’ampleur et à la vitesse de la propagation géographique.

Les projections et le nombre de cas constatés dépassaient ce à quoi nous nous attendions. La situation était bien différente de celle des flambées précédentes. D’ordinaire, elles étaient centrées sur une seule zone, une petite ville ou un village avec une structure hospitalière. Mais cette épidémie sévissait dans de multiples villes, plus ou moins grandes, finissant par englober les capitales, et se propageait très rapidement.

Jusqu’à 40 échantillons analysés par jour

Nous ouvrions le laboratoire vers 8 heures, à l’arrivée du premier lot d’échantillons, et fermions vers 18 heures. Nous recevions un deuxième lot dans l’après-midi, avec des écouvillons, traitions tous ces échantillons et obtenions des résultats dans les 2 à 3 heures. C’était en quelque sorte la journée ordinaire.

On pouvait faire appel à nous en permanence si des ambulances arrivaient. Il fallait faire les tests pour les cas prioritaires, souvent des agents de santé, pour lesquels les résultats devaient être connus très rapidement à cause de toutes les implications pour l’hôpital. En général, le nombre d’échantillons allait de 10, les journées les moins chargées, jusqu’à 35 ou 40.

Les chiffres ont commencé à augmenter lorsqu’on a prélevé plus d’échantillons sur les défunts dans la communauté. Le maximum d’échantillons analysés en une journée a été de 80. Plus tard, nous avons installé un autre laboratoire à Magbaraka en Sierra Leone, une autre zone sensible. Pendant plusieurs mois, nous avons fait fonctionner deux laboratoires, avec des nombres de cas similaires.

Les difficultés pour avoir du personnel

Comme la flambée avait pris une telle ampleur, nous avons dû avoir recours à du personnel qui n’avait jamais été envoyé auparavant sur le terrain. Avant leur déploiement, nous leur avons dispensé la formation nécessaire pour qu’ils soient à l’aise et compétents dans leur travail. Il faut être préparé à recevoir des résultats positifs et se sentir à l’aise pour gérer cette situation. Cette flambée a nécessité de déployer plusieurs fois les mêmes personnes et la peur de l’inconnu face à cet événement sans précédent en a fait un défi particulier.

Globalement, le problème des ressources humaines a été le plus difficile à gérer. L’aspect positif est que nous disposons désormais d’un puissant groupe de personnes ayant l’expérience du déploiement pour ce type de flambées.