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Salmonelles multirésistantes

Aide-mémoire N°139

La salmonellose est l'une des toxi-infections alimentaires les plus courantes et les plus répandues. Elle représente une charge importante pour la santé publique et un coût considérable pour la société de nombreux pays. Chaque année, des millions de cas sont signalés partout dans le monde, entraînant des milliers de décès. Cette maladie est provoquée par la bactérie Salmonella (salmonelle). A ce jour, on connaît plus de 2500 types ou de sérotypes de Salmonella.

Ces dernières années, les problèmes liés aux salmonelles se sont considérablement amplifiés, tant du point de vue de l'incidence de la salmonellose, que de la gravité des cas humains. Tandis que certains pays réussissaient à inverser la tendance à la hausse de l'incidence de la salmonellose humaine, de nouveaux problèmes ont été identifiés. Depuis le début des années 90, des souches de salmonelles résistantes à une série d'antimicrobiens1 comprenant des agents thérapeutiques majeurs en médecine humaine sont apparues et menacent d'entraîner un grave problème de santé publique. Cette résistance résulte de l'utilisation d'antimicrobiens à la fois en médecine humaine et dans l'élevage animal. Le problème est encore majoré lorsque cette multirésistance concerne les "antimicrobiens d'importance critique2".

La salmonellose

En général, les êtres humains contractent une salmonellose en consommant des aliments d'origine animal contaminés (principalement de la viande, de la volaille, des œufs ou du lait), bien que beaucoup d'autres aliments, et notamment des légumes verts contaminés par le fumier, puissent être impliqués dans la transmission de cette maladie. Les organismes pathogènes traversent la chaîne alimentaire de la production primaire aux ménages ou aux établissements de restauration.

Au total, 2501 sérotypes différents de Salmonella ont été identifiés jusqu'en 2004. Bien que tous les sérotypes puissent être pathogènes pour l'homme, ils sont souvent classés en fonction de leur adaptation aux hôtes animaux. Quelques sérotypes ont un spectre d'hôtes limité (ils n'affectent qu'une ou que quelques espèces animales), par exemple Salmonella Typhi pour les primates, Salmonella Dublin pour les bovins et Salmonella Choleraesuis pour les porcs. Lorsque ces souches provoquent une maladie chez l'homme, celle-ci est souvent invasive et peut avoir un pronostic mortel. Toutefois, la plupart des sérotypes ont un large spectre d'hôtes. Habituellement, les sérotypes à large spectre d'hôtes provoquent des gastro-entérites, qui, dans la plupart des cas, ne s'accompagnent d'aucune complication et ne nécessitent pas de traitement, mais peuvent être graves chez les jeunes, les personnes âgées et les malades dont l'immunité est affaiblie. Ce groupe comprend en particulier Salmonella Enteritidis et Salmonella Typhimurium, les deux principaux sérotypes responsables de salmonelloses transmises de l'animal à l'homme.

Le cours clinique de la salmonellose humaine est caractérisé habituellement par une poussée aiguë de fièvre, des douleurs abdominales, des diarrhées, des nausées et parfois des vomissements. Dans certains cas, et en particulier chez les très jeunes enfants et les personnes âgées, la déshydratation associée peut être sévère et parfois mortelle. Dans de tels cas, ainsi que dans ceux où les salmonelles provoquent des septicémies, il est essentiel de disposer pour le traitement d'antimicrobiens efficaces. Dans une faible proportion des cas, la salmonellose s'accompagne de complications graves. Bien que les flambées épidémiques attirent habituellement l'attention des médias, des études indiquent que plus de 80% des cas de salmonellose se manifestent de manière isolée, plutôt que sous forme de flambées.

La salmonellose représente une charge importante pour la santé publique et un coût considérable pour la société de nombreux pays. Très peu de pays fournissent des données sur le coût économique de la maladie. Aux États-unis d'Amérique, on évalue à 1,4 million par an le nombre d'infections à salmonelles non typhoïdiques, qui entraînent 168 000 visites chez le médecin, 15 000 hospitalisations et 580 décès. Le coût d'un cas de salmonellose humaine dans ce pays peut aller, selon les estimations, d'une quarantaine de dollars des États-unis à US$ 4,6 millions, selon que le cas n'entraîne pas de complication ou qu'il débouche sur une hospitalisation et un décès. Le coût total des affections à salmonelles aux États-unis3 est estimé à US$ 3 milliards. Au Danemark, le coût annuel lié aux salmonelloses d'origine alimentaire est évalué à US$ 15,5 millions (pour l'année 2001), ce qui correspond approximativement à 0,009% du PIB. Les autorités de ce pays ont mis en place depuis plusieurs années un programme de lutte contre les salmonelles, dont le coût annuel est estimé à US$ 14,1 millions. On évalue à US$ 25,5 millions l'économie réalisée grâce à ce programme sur les dépenses publiques danoises. Pour les pays en développement, on ne dispose généralement pas de données sur le coût des toxi-infections d'origine alimentaire.

Traitement de salmonellose humaine

Pour traiter une salmonellose chez l'adulte, des antimicrobiens appartenant au groupe des fluoroquinolones sont considérés, dans la plupart des cas, comme la solution optimale. Ces médicaments sont relativement peu chers et bien tolérés, présentent une bonne absorption par voie orale et assurent un effet plus rapide et plus fiable que les antimicrobiens plus anciens. Chez l'enfant gravement atteint, il est fait largement appel aux céphalosporines de troisième génération (à administrer par injection), les quinolones étant généralement déconseillées pour cette tranche d'âge. Les médicaments plus anciens, chloramphénicol, ampicilline et amoxicilline, ainsi que le triméthoprime-sulfaméthoxazole, sont utilisés occasionnellement comme solutions de remplacement.

Épidémiologie et transmission

Outre la transmission de l'infection par des aliments contaminés, on a également relevé des cas humains résultant d'un contact avec des animaux infectés, notamment des animaux domestiques comme les chats ou les chiens. Il est probable que les animaux domestiques contractent l'infection de la même manière que les êtres humains, c'est-à-dire par consommation de viande, de volaille ou de produits dérivés de la volaille contaminés et non cuits.

Sur les trois dernières décennies, on a observé l'évolution de sérotypes particuliers de Salmonella dans l'élevage animal intensif, puis chez l'homme. S. Enteritidis est à l'origine de l'épidémie la plus récente, qui chez l'homme a atteint son point culminant en 1992 dans de nombreux pays européens. Le léger déclin actuel de ce sérotype peut laisser place à la réémergence de S. Typhimurium en tant que sérotype principal pour la salmonellose humaine. Un autre scénario possible est la domination, à brève échéance, de ces deux souches à potentiel épidémique dans de nombreux pays.

Apparition de salmonelles résistantes aux antimicrobiens importants sur le plan médical

Bien que la résistance aux fluoroquinolones apparaisse souvent comme conséquence de mutations dans le génome bactérien (ADN), la résistance aux autres antimicrobiens se propage fréquemment par transfert d'ADN entre des souches bactériennes. Dans certains cas, la pharmacorésistance multiple (résistance à plusieurs antimicrobiens) est transmise par l'intermédiaire d'un fragment d'ADN doté d'une certaine continuité (souvent appelé plasmide).

Lors des premières autorisations des fluoroquinolones en vue d'un usage thérapeutique chez l'homme, aucune augmentation immédiate de la résistance aux salmonelles n'a été observée. Par contre, lorsque ces produits ont ensuite été autorisés pour les animaux d'élevage, la fréquence de la détection de salmonelles résistantes aux fluoroquinolones chez les animaux et dans les aliments, puis chez l'homme atteint de salmonellose, a augmenté rapidement dans plusieurs pays4.

On rencontre désormais souvent des souches de salmonelles multirésistantes et la fréquence de la pharmacorésistance multiple a considérablement augmenté ces dernières années. Pire encore, certaines variantes de Salmonella ont développé une multirésistance qui fait partie intégrante de leur matériel génétique et sont par conséquent susceptibles de conserver des gènes de pharmacorésistance même si l'on n'utilise plus les antimicrobiens concernés, situation dans laquelle d'autres souches résistantes perdraient en règle générale leur résistance.

L'émergence de salmonelles pharmacorésistantes répond à l'utilisation d'antimicrobiens chez les animaux d'élevage. La pression sélective résultant de l'emploi d'antimicrobiens est l'une des principales forces conduisant à l'apparition de cette résistance, mais d'autres facteurs doivent également être pris en compte. Certains sérotypes de salmonelles, par exemple, sont plus enclins à développer une résistance que d'autres. En outre, on observe régulièrement des variations importantes de la fréquence des sérotypes de Salmonella chez les animaux d'élevage et chez l'homme. On a ainsi récemment relevé la propagation à l'échelle mondiale, chez l'homme et certains animaux, d'une souche de S. Typhimurium multirésistante lysotype 104. Bien que la propagation de cette souche puisse avoir été facilitée par l'utilisation d'antimicrobiens, on pense qu'elle résulte principalement du commerce national et international d'animaux infectés.

L'émergence de souches de salmonelles multirésistantes, ayant perdu notamment leur sensibilité aux fluoroquinolones et aux céphalosporines de troisième génération, est un fait lourd de conséquences, qui limite gravement les possibilités de traiter efficacement les infections humaines.

Conséquences pour la santé humaine de l'apparition de souches de salmonelles résistantes aux antimicrobiens, suite à l'utilisation de ces produits en dehors de la médecine humaine

Les études récentes apportent de plus en plus de preuves des conséquences préjudiciables pour la santé humaine de l'apparition de micro-organismes résistants. Ces conséquences peuvent se répartir en deux catégories : (1) survenue d'infections qui sinon ne seraient pas apparues et (2) augmentation de la fréquence des échecs thérapeutiques et de la gravité des infections.

(1) Infections qui sinon ne seraient pas apparues. Chez l'homme, comme chez l'animal, l'utilisation d'antimicrobiens agit sur les voies intestinales, exposant les sujets concernés à un risque accru de contracter certaines infections. Les personnes prenant par exemple des antimicrobiens pour des raisons indépendantes courent donc un risque majoré d'être contaminées par des salmonelles résistantes à ces médicaments. Ce risque accru peut être exprimé sous la forme d'une fraction attribuable, définie comme la proportion d'infections à salmonelle qui ne se seraient pas produites si la salmonelle concernée n'avait pas été résistante (ou si la personne n'avait pas pris un antimicrobien pour une raison indépendante). Dans le cadre d'une analyse récente de la fraction attribuable du nombre de cas d'infections à salmonelle recensées chaque année aux États-unis, lequel dépasse le million, on a estimé que la résistance des salmonelles aux antimicrobiens pouvait être à l'origine de quelque 30 000 salmonelloses supplémentaires, entraînant environ 300 hospitalisations et une dizaine de décès.

En outre, l'utilisation d'antimicrobiens chez l'animal peut favoriser la transmission entre animaux de micro-organismes résistants, et donc conduire à une transmission accrue de tels micro-organismes à l'être humain par voie alimentaire.

(2) L'augmentation de la fréquence des échecs thérapeutiques et de la gravité des infections peut se manifester par une prolongation de la durée de la maladie, par une plus grande fréquence des septicémies et des hospitalisations, ou par un accroissement de la mortalité. Plusieurs études ont mis en évidence l'association entre une augmentation de la fréquence relative des souches de salmonelles résistantes aux antimicrobiens et un accroissement de celle des hospitalisations pour salmonellose. De même, on a constaté que les personnes atteintes d'infections dues à des salmonelles résistantes aux antimicrobiens présentaient une plus forte probabilité de contracter une septicémie ou de mourir dans les 90 jours suivant le prélèvement que les sujets de groupes témoins infectés par des germes sensibles.

Une étude menée au Danemark a relevé que si la mortalité était plus élevée chez les personnes atteintes d'une infection à salmonelle sensible que dans la population générale, elle était encore plus importante chez les personnes souffrant d'une infection à salmonelle résistante. On a estimé que, chez les personnes atteintes d'une infection à salmonelle multirésistante, le taux de mortalité dans les deux ans suivant le prélèvement était dix fois supérieur à celui observé dans la population générale.

Conclusions

L'émergence de souches de salmonelles résistantes aux antimicrobiens couramment utilisés doit faire l'objet d'une attention particulière de la part des cliniciens, des microbiologistes et des responsables de la lutte contre les maladies transmissibles, ainsi que des producteurs de denrées de consommation, en particulier les industries alimentaires. Le moyen le plus efficace pour lutter contre les salmonelles pharmacorésistantes est de réduire l'utilisation d'antimicrobiens. A un usage à bon escient des antimicrobiens chez les animaux d'élevage, il convient d'associer de bonnes pratiques d'élevage et d'abattage, ainsi qu'une hygiène satisfaisante à tous les stades de la chaîne de production alimentaire, depuis les usines de transformation jusqu'aux cuisines et aux établissements de restauration. La combinaison de ces efforts devrait permettre de réduire le nombre de souches en cause chez les animaux d'élevage et d'abaisser le risque de contamination par des salmonelles résistantes à tous les stades de la chaîne de production alimentaire.

Bien que des activités pour faire face à l'apparition d'une résistance aux antimicrobiens chez les micro-organismes transmis par voie alimentaire soient en cours, l'ampleur du problème est largement ignorée dans beaucoup de pays. Il est nécessaire d'accroître les efforts de collaboration internationale, notamment ceux destinés à appuyer la surveillance et l'évaluation des risques. Les pays peuvent participer au Programme Global Salm-Surv5 pour renforcer leurs capacités de détection des agents pathogènes antibiorésistants, y compris les salmonelles, chez l'homme et l'animal et dans les aliments.

Bien que certains pays aient réussi à réduire considérablement la fréquence des salmonelles dans les élevages de volailles, il est peu probable que l'éradication de ce type de bactérie soit possible chez les animaux domestiques dans un proche avenir. La fréquence accrue des agents pathogènes pharmacorésistants dans les aliments d'origine animale fait ressortir la nécessité générale de soumettre ces aliments à une cuisson complète avant de les consommer. La réduction de l'incidence des toxi-infections d'origine alimentaire résultant d'une contamination croisée pendant la transformation et la préparation des aliments passe par la formation des personnes manipulant des denrées alimentaires aux principes de manipulation sans risque des aliments (voir "WHO Five keys to Safer Food"6). L'enseignement aux agriculteurs et à leurs familles des risques infectieux liés à la profession d'agriculteur constitue également une étape importante dans la lutte contre les salmonelloses humaines.

1 Substance qui, à faible concentration, détruit les micro-organismes ou inhibe leur développement, mais ne provoque que peu ou pas de dommages chez l'hôte - souvent appelée antibiotique dans le langage courant (les antibiotiques constituant en fait un sous-groupe des antimicrobiens).

2 D'après le document "Joint FAO/OIE/WHO Expert Workshop on Non-Human Antimicrobial Usage and Antimicrobial Resistance : scientific assessment, Geneva, December 1-5, 2003", une classe d'antimicrobiens sera considérée comme d'importance critique lorsqu'un des medicaments qu'elle renferme constitue le seul traitement disponible ou une solution thérapeutique parmi un nombre limité d'autres pour traiter des affections humaines graves ou pour lutter contre des agents provoquant des toxi-infections alimentaires dangereuses.

3 Calculateur de coût lié aux toxi-infections d'origine alimentaire

4 Joint FAO/OIE/WHO Expert Workshop on Non-human Antimicrobial Usage and Antimicrobial Resistance

5 Site Internet du Programme Global Salm-Surv (GSS)

6 Five keys to safer foods

Documents anterieurs de l'OMS sur le meme sujet

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Télécopie : +41 22 791 48 07
Courriel: foodsafety@who.int