Un an d’Omicron : le travail vital d’un laboratoire de référence de l’OMS pour la surveillance et le diagnostic des virus

28 novembre 2022

Le 26 novembre 2022, cela a fait 1 an que le variant B.1.1.529 du virus de la COVID-19 (SARS-CoV-2) a été déclaré « variant préoccupant » et qu’on lui a attribué le nom d’Omicron. Ce variant et ses souches sont depuis lors devenus les principaux variants du SARS-CoV-2 en circulation, tant dans la Région européenne de l’OMS qu’au niveau mondial. 

Les laboratoires de référence de l’OMS, comme ceux du Centre médical universitaire Erasmus de Rotterdam (Pays-Bas), jouent un rôle fondamental dans la détection des variants viraux, et contribuent à notre connaissance de l’évolution et de la propagation des virus. Ils nous aident également à comprendre l’impact des nouveaux variants émergents sur la transmission, sur nos diagnostics et sur l’efficacité des contre-mesures médicales existantes, comme les vaccins et les traitements. Les laboratoires de référence de l’OMS servent également à corroborer les tests de confirmation et reçoivent des échantillons de toute la Région européenne, les pays s’efforçant d’ailleurs de mettre en place leurs propres capacités.

Dans le cadre de ses travaux de diagnostic et de recherche, le personnel du laboratoire du Centre médical universitaire Erasmus ne se contente pas d’étudier le SARS-CoV-2, mais procède également à la surveillance de toute une série d’autres virus susceptibles de nuire à la santé humaine, du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS) et du syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS) à Ebola, au VIH, à la grippe, à l’herpès et à la variole du singe. En plus d’être un laboratoire de référence pour la COVID-19, le Centre médical universitaire Erasmus est également le centre collaborateur de l’OMS pour la référence et la recherche sur les arbovirus et les fièvres hémorragiques.

Nous nous sommes récemment rendus dans leurs laboratoires afin de mieux comprendre leurs pratiques, notamment leur mode de détection et d’identification des virus, la manière dont ils contribuent à la mise au point des vaccins, et leurs méthodes de surveillance des nouveaux variants du SARS-CoV-2 et d’autres pathogènes émergents potentiellement dangereux.

Parcourez le reportage photo pour en apprendre davantage.

OMS/Uka Borregaard
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Les échantillons sont reçus au laboratoire

Les échantillons sont envoyés pour analyse par des établissements de santé de tous les Pays-Bas, y compris l’hôpital du Centre médical universitaire Erasmus, et parfois de l’étranger. Toutes sortes d’échantillons sont traités, notamment des écouvillons prélevés dans la gorge d’une personne, du sang (plasma et sérum) ou parfois des biopsies d’organes.

 

OMS/Jez Ford
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Amplification (fabrication de copies) du virus par réaction en chaîne par polymérase (PCR)

Les flacons d’échantillons sont placés dans des portoirs spéciaux pour être insérés dans un dispositif d’isolement de l’ADN/ARN et ensuite dans des machines PCR. La machine PCR est utilisée pour réaliser des millions de copies identiques de ce qui n’est au départ qu’un petit segment d’ARN (le code génétique du virus). L’analyse génétique n’étant réellement possible que lorsque l’on dispose de grandes quantités d’ARN viral, cette « photocopie moléculaire » est une première étape nécessaire avant de pouvoir procéder à la détection du virus.

 

OMS/Uka Borregaard
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Une partie de l’échantillon est ajoutée à des cultures cellulaires pour étudier l’effet de l’infection virale sur ces cellules.

La culture est surveillée pendant plusieurs jours afin d’observer la propagation potentielle du virus et l’ampleur de celle-ci. Si le virus a endommagé les cellules de la culture, cela indique qu’il est susceptible de provoquer une maladie chez la personne affectée.

 

OMS/Uka Borregaard
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Les tests de neutralisation sont utilisés pour comparer l’efficacité des anticorps face à une attaque virale.

Le docteur Corine Geurts van Kessel nous montre le résultat d’un test sérologique au cours duquel un certain nombre d’échantillons de sérum sont utilisés pour vérifier la capacité de divers anticorps à combattre (neutraliser) certains virus. On utilise comme base un contrôle négatif ne contenant pas d’anticorps et normalement sujet à une activité virale de la plus grande intensité. Ces tests sont particulièrement importants pour l’étude de l’efficacité vaccinale et pour la mise au point de nouveaux vaccins, notamment contre la COVID-19, afin de déterminer leur performance contre différents variants.

OMS/Uka Borregaard
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Le séquençage aide les scientifiques à comprendre le code génétique du virus.

La séquence du génome d’un virus se définit par l’ordre des bases ou des lettres qui constituent le matériel génétique du virus, ou son génome. Par exemple, la description de la séquence du génome d’un coronavirus donné s’effectue par une série d’environ 30 000 lettres. Les moyens technologiques permettant de déterminer cette séquence ont très fortement progressé ces dernières années. Ainsi, au lieu d’avoir recours à d’énormes machines dans les laboratoires, des dispositifs mobiles de type clé USB, comme ceux-ci, peuvent être utilisés avec des ordinateurs portables afin d’effectuer un séquençage direct et en temps réel de l’ADN ou de l’ARN, ce qui est idéal pour les tests réalisés sur le terrain.

OMS/Uka Borregaard
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Les échantillons de virus sont conservés au froid pour éviter toute dégradation.

Un large éventail de virus et d’échantillons de patients sont stockés à des températures inférieures à zéro. Grâce à cette « banque » de virus, les scientifiques peuvent comparer la composition génétique des virus dans les échantillons nouvellement acquis, et conserver des archives de virus et d’échantillons de patients « plus anciens ». Les nouveaux échantillons à tester sont également stockés ici jusqu’à ce que les scientifiques soient prêts à les étudier. Les températures froides évitent leur dégradation, de sorte que les scientifiques disposent d’un enregistrement précis du virus à partir du moment où l’échantillon a été prélevé pour la première fois.

OMS/Uka Borregaard
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Des techniques de coloration et des logiciels aident à identifier des types particuliers de virus.

Un écran affiche une image de la lame de microscope contenant une partie de l’échantillon et soumise à des techniques de coloration spéciales. Un logiciel spécialisé permet de mettre en évidence les parties contenant le virus (en vert). À partir de la taille et de la forme de ces dernières, les scientifiques peuvent déterminer le type de virus auquel ils ont affaire.

 

OMS/Uka Borregaard
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Des précautions particulières sont prises lors de la manipulation des virus les plus infectieux.

Certains virus, tels que le SARS-CoV-2, doivent être testés dans des laboratoires à sécurité biologique accrue en raison des risques plus élevés associés à leur manipulation. Au Centre médical universitaire Erasmus, le laboratoire de niveau de biosécurité 3 (BSL-3) est équipé de doubles portes, et les techniciens sont tenus de suivre des procédures de sécurité spécifiques et de porter des vêtements de protection supplémentaires. Les échantillons ne sont ouverts et testés que dans des armoires hermétiques.

 

OMS/Uka Borregaard
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Les populations d’animaux sauvages font également l’objet d’une surveillance des virus susceptibles de nuire à la santé humaine.

La menace de zoonose, la transmission de maladies des animaux à l’homme, est prise très au sérieux au Centre médical universitaire Erasmus. Des ornithologues et des bagueurs d’oiseaux de tous les Pays-Bas collectent régulièrement des plumes d’oiseaux et les envoient au Laboratoire de surveillance de la faune sauvage du Centre pour l’étude de toute une série de virus, dont celui de la grippe aviaire. Grâce à cette surveillance attentive, on peut contrôler la propagation des maladies infectieuses dans la population d’oiseaux sauvages et surveiller toute mutation virale potentiellement inquiétante.

 

OMS/Uka Borregaard
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Un suivi particulier des maladies chez les chauves-souris

Lineke est pathologiste vétérinaire au Centre médical universitaire Erasmus. Son rôle consiste à disséquer et à analyser des échantillons de tissus prélevés sur les cadavres de chauves-souris mortes naturellement dans la nature et envoyés au laboratoire par des naturalistes du pays. À ce jour, si aucune chauve-souris ne s’est révélée porteuse d’un virus susceptible d’être dangereux pour l’homme aux Pays-Bas, l’expérience d’autres pays montre l’importance de procéder à une surveillance continue de ces animaux. En effet, on pense que le SARS-CoV-2, le virus à l’origine de la pandémie de COVID-19, provient de chauves-souris en Chine et a fait le saut chez l’homme à un moment donné fin 2019.

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