Bulletins d'information sur les flambées épidémiques

2020-DON297 - Royaume-Uni de Grande-Bretagne et d’Irlande du Nord

21 décembre 2020
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Aperçu de la situation

Le 14 décembre 2020, les autorités du Royaume-Uni ont signalé à l’OMS qu’un nouveau variant du SARS-CoV-2 avait été identifié par séquençage génomique. Ce variant est appelée SARS-CoV-2 VUI 202012/01 (variant à l’étude, année 2020, mois 12, variant 01).

Description de la situation

Le 14 décembre 2020, les autorités du Royaume-Uni ont signalé à l’OMS qu’un nouveau variant du SARS-CoV-2 avait été identifié par séquençage génomique. Ce variant est appelée SARS-CoV-2 VUI 202012/01 (variant à l’étude, année 2020, mois 12, variant 01). Une première analyse indique que ce variant pourrait se propager plus facilement au sein de la population. Des enquêtes sont en cours pour déterminer s’il a des effets sur la gravité des symptômes, la réponse en anticorps et l’efficacité des vaccins.

Au 13 décembre 2020, 1108 cas infectés par le SARS-CoV-2 VUI 202012/01 avaient été détectés au Royaume-Uni. Ce variant a été identifié dans le cadre d’une enquête épidémiologique et virologique lancée au début du mois de décembre 2020 à la suite d’une augmentation inattendue des cas de COVID-19 dans le sud-est de l’Angleterre. Le taux de notification des cas a été multiplié par plus de trois en 14 jours, entre les semaines épidémiologiques 41 et 50 (soit entre le 5 octobre et le 13 décembre 2020). En moyenne, entre 5 % et 10 % de tous les SARS-CoV-2 ont été systématiquement séquencés au Royaume-Uni, dont 4 % dans le sud-est de l’Angleterre, depuis le début de la pandémie. Entre le 5 octobre et le 13 décembre, plus de 50 % des isolats identifiés dans le sud-est de l’Angleterre correspondaient au nouveau variant. Une analyse rétrospective a révélé que le premier variant avait été identifié dans le Kent (sud-est de l’Angleterre) le 20 septembre 2020 ; une augmentation rapide de ce même variant a été constatée plus tard en novembre. La plupart des cas de COVID-19 à partir desquels ce variant a été identifié étaient âgés de moins de 60 ans.

Ce variant est défini par la présence d’un ensemble de 14 mutations entraînant des modifications d’acides aminés et trois délétions. Certaines de ces mutations peuvent influer sur la transmissibilité du virus chez l’homme :

  • L’une des mutations identifiées (N501Y) modifie un acide aminé présent dans les six résidus principaux du domaine de liaison au récepteur. D’après la base de données de l’Initiative mondiale de partage des données sur la grippe aviaire (GISAID), cette même mutation N501Y a été signalée indépendamment dans plusieurs pays, dont l’Afrique du Sud (n=45) et l’Australie (n=37). Une analyse des séquences a montré que la mutation N501Y du virus signalée au Royaume-Uni et en Afrique du Sud n’avait pas la même origine.
  • Une autre mutation importante sur le plan biologique, P681H, a été trouvée au niveau du domaine de liaison au récepteur.
  • Enfin, la délétion en position 69/70 s’est avérée modifier les résultats de certains tests PCR qui ciblent le gène S. La plupart des tests PCR dans le monde ciblent plusieurs gènes et, par conséquent, l’impact de ce variant sur les tests de diagnostic ne devrait pas être significatif.

Le nouveau variant VUI-202012/01 a été identifié dans plusieurs pays dont l’Australie, le Danemark, l’Italie, l’Islande et les Pays-Bas.

Les rapports préliminaires du Royaume-Uni indiquent que sa transmissibilité est supérieure à celle des virus qui circulaient précédemment de 40 % à 70 % d’après les estimations, soit un taux de reproduction de base R0 augmenté de 0,4 (ce qui le porte à une valeur comprise entre 1,5 et 1,7). Des études en laboratoire sont en cours pour déterminer si ces variants ont des propriétés biologiques différentes ou s’ils modifient l’efficacité des vaccins. À l’heure actuelle, il n’y a pas suffisamment d’information pour déterminer si ce variant a un effet sur la gravité des symptômes cliniques, la réponse en anticorps ou l’efficacité des vaccins. 

Action de santé publique

Les autorités britanniques mènent des enquêtes épidémiologiques et virologiques afin d’évaluer plus avant la transmissibilité, la gravité de l’infection, le risque de réinfection et la réponse en anticorps liés à ce nouveau variant. Comme l’une des mutations (N501Y) touche le domaine de la liaison au récepteur, les autorités étudient en urgence l’activité de neutralisation de ce variant par des sérums issus de patients guéris et de personnes vaccinées afin de déterminer s’il modifie l’efficacité des vaccins.

Les données sur le génome de ce variant ont été chargées dans la base de données de la GISAID par les autorités du Royaume-Uni et la surveillance génomique du virus se poursuit dans tout le pays pour suivre la situation.

Le 19 décembre 2020, les autorités britanniques ont annoncé que les zones touchées seraient soumises à des restrictions de niveau 4, notamment une réduction des rassemblements sociaux, des restrictions de mouvement plus strictes, des demandes de travail à domicile dans la mesure du possible et la fermeture des commerces non essentiels. 

Évaluation du risque par l’OMS

Tous les virus, y compris le SARS-CoV-2, évoluent au fil du temps, mais la plupart de ces mutations ou changements n’ont pas d’avantage direct pour le virus ou peuvent même nuire à sa propagation. Des investigations approfondies en laboratoire sont nécessaires pour mieux comprendre l’impact d’une mutation donnée sur les propriétés du virus et l’efficacité des tests de diagnostic, des traitements et des vaccins. Ces investigations sont complexes, elles prennent du temps et nécessitent une collaboration entre les différents groupes de recherche.

Le partage des séquences complètes du génome facilite les analyses détaillées menées par les partenaires. Le groupe de travail de l’OMS sur l’évolution du SARS-CoV-2 collabore avec des collègues du Royaume-Uni pour mieux comprendre les résultats disponibles et appuyer d’autres études.

Il est nécessaire de mener rapidement d’autres études épidémiologiques et en laboratoire pour comprendre les implications de ces virus en termes de tableau clinique de la COVID-19, de diagnostic, de traitement et de développement de vaccins.

Conseils de l’OMS

Les conclusions préliminaires du Royaume-Uni mettent en évidence la problématique plus large des mutations du SARS-CoV-2, et l’OMS souligne l’importance d’un partage rapide des informations épidémiologiques, virologiques et des séquences génomiques complètes avec d’autres pays et équipes de recherche, notamment par le biais de plateformes en accès libre telles que celle de la GISAID entre autres.

L’OMS conseille de mener d’autres études épidémiologiques et virologiques pour comprendre les mutations décrites par le Royaume-Uni et d’autres pays afin d’étudier plus avant toute modification du pouvoir infectieux et pathogène du virus. L’OMS conseille à tous les pays de développer le séquençage systématique des SARS-CoV-2 dans la mesure du possible et le partage des données des séquences à l’échelle internationale, et de signaler, en particulier, si des mutations identiques sont constatées.

L’OMS souhaite attirer l’attention sur les préoccupations concernant la perte de performance signalée des tests PCR qui ciblent le gène S (codant la protéine Spike ou spicule) du virus. Il est conseillé aux laboratoires utilisant des kits PCR disponibles dans le commerce pour lesquels les gènes viraux ciblés ne sont pas clairement identifiés dans les instructions du fabricant de contacter ce dernier pour plus d’informations. Les laboratoires qui utilisent des tests PCR en interne qui ciblent le gène S du virus doivent également être conscients de ce problème potentiel. Afin de limiter l’impact sur les capacités de détection dans les pays, il est également recommandé d’adopter une approche utilisant différents tests en parallèle ou des tests multiplex ciblant différents gènes viraux pour permettre la détection de variants potentiels.

Tous les pays doivent évaluer leur niveau de transmission locale et mener des activités de lutte appropriées, notamment en adaptant les mesures de santé publique et les mesures sociales conformément aux orientations de l’OMS.

Il est important de rappeler à la population et aux agents de santé les principes de base à appliquer pour réduire le risque général de transmission des infections respiratoires aiguës :

  • éviter tout contact étroit avec des personnes atteintes d’infections respiratoires aiguës ;
  • se laver fréquemment les mains, surtout après un contact direct avec des personnes malades ou leur environnement ;
  • en cas de symptômes d’infection respiratoire aiguë, observer les règles d’hygiène en cas de toux (se tenir à distance, se couvrir la bouche et le nez à l’aide d’un mouchoir jetable ou d’un vêtement lorsqu’on tousse ou qu’on éternue et se laver les mains) ;
  • dans les établissements de santé, renforcer les pratiques standard de lutte contre l’infection, en particulier dans les services d’urgence ; et
  • porter un masque quand c’est approprié et assurer une bonne ventilation.

L’OMS recommande les mesures sanitaires énumérées ci-dessus pour tous les voyageurs, y compris à destination et en provenance du Royaume-Uni. En cas de symptômes évocateurs d’une affection respiratoire aiguë apparaissant pendant ou après un voyage, les voyageurs sont encouragés à consulter un médecin et à lui indiquer les voyages qu’ils ont effectués. Les autorités sanitaires doivent collaborer avec les secteurs des voyages, des transports et du tourisme afin de donner aux voyageurs, par l’intermédiaire des dispensaires pour les voyageurs, des agences de voyages et des opérateurs de transport, et aux points d’entrée, des informations permettant de réduire le risque général de contracter une infection respiratoire aiguë.

Conformément aux conseils fournis par le Comité d’urgence sur la COVID-19 lors de sa dernière réunion, l’OMS recommande aux États Parties de réexaminer régulièrement les mesures appliquées aux voyages internationaux conformément à l’article 43 du RSI (2005) et de continuer à fournir des informations et des justifications à l’OMS sur les mesures qui entravent notablement le trafic international. Les pays doivent également veiller à ce que les mesures affectant le trafic international soient fondées sur les risques, basées sur des données probantes, cohérentes, proportionnées et limitées dans le temps.

L’OMS a récemment publié des orientations provisoires intitulées "Considérations de l’OMS pour la mise en œuvre d’une approche fondée sur les risques pour les voyages internationaux dans le contexte de la COVID-19", les risques dans le processus de décision pour calibrer les mesures d’atténuation des risques liés aux voyages internationaux, dans le but de réduire l’exportation, l’importation et la transmission ultérieure du SARS-CoV-2 tout en évitant d’entraver inutilement le trafic international.

L’OMS recommande aux pays d’adopter une approche fondée sur les risques. Les autorités nationales sont encouragées à publier leur méthode d’évaluation des risques et la liste des pays de départ auxquels s’appliquent les restrictions ; ces informations devront être mises à jour régulièrement. En toutes circonstances, les voyageurs essentiels (p. ex., les intervenants d’urgence, les personnes chargées de fournir un appui technique pour la santé publique, le personnel essentiel dans les secteurs des transports et de la sécurité, comme les gens de mer, les personnes rapatriées, et le personnel de transport de produits essentiels tels que la nourriture, les médicaments et le carburant) identifiés par les pays doivent toujours être prioritaires et leur voyage doit être facilité.

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