传染病继续在南苏丹构成严重的公共卫生威胁。不时暴发的疫情加重了疾病的长期负担，进一步威胁到民众健康。
世卫组织和伙伴正在冲突局势中，应对多重疫情，包括霍乱、疟疾、麻疹、疑似出血热和黑热病。
“尽管不安全，世卫组织正在抓住一切机会，确保向民众提供卫生保健服务，以在此医疗系统崩溃之际保护他们，”世卫组织驻南苏丹代表Abdulmumini Usman博士说。
流离失所者面对霍乱风险
在朱巴，军队与反对派武装之间的冲突导致数百人死亡，数千人流离失所。近来的暴力升级后，2016年7月21日确认这里发生了霍乱。截至2016年9月6日，朱巴、特拉克卡、琼莱、东湖和伊玛腾等五个州报告了1762例霍乱，包括26例死亡。
世卫组织正与伙伴一道应对霍乱疫情，包括治疗约1700名霍乱患者，派出卫生宣传员访问约8.8万个家庭，提供预防霍乱的信息和用品，如水净化剂、口服补液溶液和肥皂。此外，世卫组织还参与了广泛的卫生宣传运动，全国已有200多万人通过17个广播电台的谈话节目、插播和采访收听了霍乱预防信息。
疟疾加剧
2016年年初以来已报告了130多万例疟疾病例。5月初开始，疟疾病例不断增加，2016年5月30日的一周内，在国内流离失所者营地Bentiu宣布暴发疫情。截至2016年8月28日，有八个州的31个县超过了全国的疟疾流行阈值。5月份以来，超过80万人通过驻地、外派和流动卫生队接受了疟疾治疗。世卫组织支持向疫情最严重的州之一北加扎勒河州空运了疟疾药物、供应品和营养包，并向其它六个州的受影响地区捐赠了疟疾药物和用品。
接种麻疹疫苗
2016年年初以来，全国报告了超过1600例麻疹病例，包括至少19例死亡。世卫组织已确认了12个县的麻疹疫情并加以应对。自2016年年中战事升级以来，约有18.2万名儿童接种了麻疹疫苗。计划于2016年10月展开后续活动。保证大多数儿童接种疫苗是针对这种高度传染性疾病的最佳保护。
白蛉传播的致命疾病
黑热病是一种由白蛉传播的疾病，即利什曼病的最严重形式。它导致发热、体重减轻、贫血、肝脾肿大，在大多数情况下如果不治疗将是致命的。黑热病在该国部分地区流行。2016年，南苏丹报告了1000多例病例，包括42例死亡。世卫组织共同领导了黑热病工作队，并支持在受影响地区部署快速反应小组。世卫组织还帮助在治疗点培训卫生工作者，每周提供分析数据，并向治疗中心调配快速诊断试剂盒和药物等供应品。
疾病检测对快速反应很重要
这些传染病大多数已在非洲大部分地区得到控制或根除，但由于南苏丹恶劣的社会经济条件，仍然肆虐一时。各国如果卫生系统薄弱，人口过多或民众流离失所，一旦受到冲突或自然灾害的冲击，很容易发生传染病疫情。
除了这些挑战外，疾病监测系统的不完备，使得人们难以测量问题的真实范围，或者早期发现疫情并作出适当反应。
世卫组织支持早期预警和反应系统这一由伙伴支持的静态和流动的报告点网络，以加强对受到人道主义关注的人群中疫情的检测。现在南苏丹有58个早期预警和反应系统报告点，这些报告点将继续扩大，以充实受危机影响地区的现有监测系统。
世卫组织支持检测和控制疫情
尽管安全局势岌岌可危，提供卫生服务困难重重，但世卫组织与伙伴一道，向南苏丹人民提供了不可或缺的支持。
世卫组织训练快速反应小组调查和应对新出现的疫情，并在九个州立中心针对若干传染病以及急性营养不良的内科并发症预先配置了疫情调查和反应包。这些供应品被用于对全国范围新出现的疫情和人道主义紧急情况作出及时反应。
世卫组织继续支持全国标本转送系统，以便及时确认疫情爆发。世卫组织与国家快速反应小组、联合国人道主义空运处和合作伙伴合作，促进和支持将生物样品送往国家公共卫生实验室和国际合作实验室进行确诊检验。世卫组织继续支持国家公共卫生实验室检验霍乱、麻疹和其他重点疾病的样本，以推动迅速作出反应，最终挽救生命。