جمعية الصحة العالمية هي هيئة صنع القرار في المنظمة. وتشارك فيها وفود جميع الدول الأعضاء في المنظمة وتركز على جدول أعمال صحي محدد يعدّه المجلس التنفيذي. وتتمثل المهام الرئيسية لجمعية الصحة العالمية في تحديد سياسات المنظمة، وتعيين المدير العام، والإشراف على السياسات المالية، واستعراض الميزانية البرمجية المقترحة وإقرارها. وتُعقد جمعية الصحة سنوياً في جنيف، سويسرا.